Но 5 ноября 1941 г. командование корабля получило неожиданный приказ — полностью снять вооружение. Вспомогательный крейсер «А.Микоян» снова стал линейным ледоколом. Личный состав артиллерийской боевой части был списан на берег, как и часть командного состава. Вскоре потребовали сдать пулеметы, винтовки и пистолеты. У всех были отобраны документы, письма, фотографии родных и близких. Экипажу приказали уничтожить военную форму, выдав взамен разнообразную гражданскую одежду и мореходные книжки. Военно-морской флаг спустили и подняли Государственный.